食品科学与技术国家重点实验室是在原江南大学食品科学与安全和南昌大学食品科学两个教育部重点实验室的基础上建立起来的国内食品科学领域第一个国家重点实验室。2007年9月通过专家论证，2007年10月由科技部批准建设，以良好成绩顺利通过了2011年和2016年两次科技部组织的国家重点实验室评估。实验室主任为江南大学原副校长金征宇教授，孙宝国院士任学术委员会主任。
实验室围绕食品科学与技术领域基础和应用基础性的国际研究前沿，根据我国食品工业的发展需要，确定在食品加工与组分变化、食品安全性检测与控制、食品配料与添加剂的生物制造、食品加工新技术原理及应用四个方面展开研究，立足食品与人体健康的相关性研究，逐步构建食品加工过程控制新理论与新方法体系，从而达到控制食品及配料的品质，消除不安全因素，增进人体健康。实验室筹建以来，根据自身学科发展的优势和特色，积极投身国家经济建设和社会发展主战场，参加和承担了一大批基础、应用基础和关键技术攻关项目以及科技成果转化型项目。
食品科学与技术国家重点实验室在集中最优势人才资源的基础上，进一步向海内外招聘优秀人才，目前形成以中国工程院院士、国家“杰青”获得者、国家重点学科带头人以及教育部创新团队负责人为学术方向带头人、一批年富力强的中青年学术骨干、年青的海外留学归国博士为中坚力量的研究队伍。
实验室拥有透射电子显微镜、液相色谱串联四级飞行时间质谱联用仪、全数字化核磁共振波谱仪、气相色谱串联质谱联用仪、液相色谱-质谱联用仪、离子色谱仪、微射流均质机、流式细胞仪等先进仪器设备2000余台套，总价值7000余万元，建有公共测试平台、食品生物技术等公用研究平台，服务方向是食品、生物、发酵、农业、环境、医药、化工等行业有机化合物的定性、定量和结构分析及元素分析等。
实验室实行主任负责制，按照“开放、流动、联合、竞争”的原则，以“优势学科联合、优秀人才集中、包容整合”的建室思想，实施边建设、边开放的管理运行模式。实验室的目标是经过几年的运行，建成一个与国际接轨的、体现国内最高水平的食品科学与技术研究中心和开放性平台，成为组织高水平基础研究和应用基础研究、聚集和培养优秀科学家、开展学术交流的重要基地。
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